夏初的日本西海岸，是個多雨多風的災難季節，來自南太平洋的季侯信風，經常挾帶著十級以上的颱風海嘯，暴躁地登陸到日本列島，用肆虐的自然能量摧殘著人類苦心搭建的各種建築。
這一天注定是多事之秋，在人們企盼新一屆首相選舉的普選投票之日，今年威力最大的颱風「死神之眼」開始在日本西海岸登陸。
緊接著，日本南太平洋海域發生了情況未明的軍事爭端，於是尚未卸任的日本首相根直倉宏，啟動了日美東南亞國家安全防禦計劃，派出大批軍艦前往事發海域進行軍事封鎖如此一來，首相選舉的普選投票日期就被理所應當地壓後進行了，就連首相侯選人御首雲的突然失蹤，也被接連不斷的突發事件給掩蓋了。
由於南太平洋的天氣環境極度惡劣，所有關注日本海域軍事爭端的人們，都只能眼睜睜躲在岸上翹首企盼。就連已經接近事發海域的眾多日本艦艇，也無法在這種巨浪滔天的作戰環境裡，找到一個據說是會漂浮的海島基地。
如今能夠將這片海域裡的所有情況都清晰監控的，只有三萬七千公里高空上的三顆外星技術軍事衛星，它們就像三隻火眼金睛，為正在向南海移動的海島基地探測瞭望。
正常來說，監視南海海域只需要一顆軍事衛星足矣，但是逆天神使用的監控遙感技術，卻是三維立體式的超時代技術。它能夠準確捕捉位於海洋深處任意位置的目標，小到鯊魚海豚，大到海島艦艇，全部明察秋毫，絕無遺漏。
御翔天坐在海島基地的總控制室裡，密切注意著周圍可能接近的武裝力量。根據軍事衛星的探察情報顯示，在附近海域裡有三艘日本導彈驅逐艦在搜尋著他們，而遠在一千海里以外，還有一支美國航母編隊在全速接近中。
而最大的威脅則來自海底核動力潛艇的逼近，目前可以探察到的共有五艘核動力潛艇，一艘來自日本方向，二艘屬於美國航母編隊，一艘來自中國，一艘來自俄羅斯。由於它們不受海面風浪的影響，所以海島基地必然會被它們發現並鎖定住。
至於早已盤旋在海域上空的日美預警飛機，以及高高在上的美國軍事衛星，就顯得無足輕重了，因為海島基地的外殼是真正的珊瑚暗礁，所以任何福射感應僅器以及金屬探測器，都發現不了基地的存在。
「雷師叔，難道這場颱風也是你們搞出來的嗎？」
對於如此巧合的有利天氣，他不得不生出疑惑和好奇。
「應該是巧合吧！逆天神的力量還沒有脫離這個基地而擴散到外面去，所以它要想操縱基地動力，還得借助宮本太郎的身體。不過我們也不排除有其他力量在掩護我們的行動，因為現在的幾個軍事大國手中，都掌握了一定程度的超時代技術，甚至有像逆天神這樣的外星生物在直接效力人類，而控制天氣對於她們來說應該不會太困難。」
雷鳴禪一臉憂慮地回答道。
御翔天用眼角瞥了一眼面無表情的宮本太郎，然後小聲問道：「以我看來，目前好像只有中國希望我們去摧毀那兩個海底基地，而中國在外星技術研究方面，當以『天宮』組織為首，雷師叔是否認識他們的負責人？」
雷鳴禪聞言淡淡一笑道：「你還真問對人，因為除了我和大師兄知道誰是天宮的真正負責人外，就連目前的中國國家主席也沒見過他老人家的真面目。其實天宮是我師父皓月老人一手建立的，最初師父只是為了研究天玄石的秘密，而召集許多修道大家組成的臨時研究機構，後來在國家發現了那艘埋沒在沙漠裡的外星飛船後，師父才出面將兩個研究機構合併到一起，統稱為天宮的。不過現在希望我們去摧毀海底基地的國家可不只是中國，除了日本外，即使美國也希望我們替它剷除掉這個未來的威脅，這就是國家利益的本質，沒有水遠的敵人，也沒有水遠的朋友，只有國家利益不被威脅或損害。所以當我們與第一個海底基地開戰以後，除了日本，其他國家都不會太過干涉的。」
御翔天明了的點了點頭，擔心地看向宮本太郎道：「難道逆天神不知道這裡面的厲害矛盾嗎？我看她好像只知道抓住宮本太郎似的，似乎從沒想到過其他國家的介入和攻擊。」
雷鳴禪聞言哈哈笑道：「放心吧！她現在除了能接受到我傳出的動力改變命令外，其他的精力都用在特異核聚變的控制上了，就算我們現在指著她的鼻子，罵她是豬狗不如的畜生，她也如同木乃伊般毫無反應，除非我們做出威脅到她人身安全的企圖。」
「現在的異魔不過是趨於本能追求的原始動物，僅有的一點兒智力都用於如何脫困玄武大陣上了，人類這麼複雜的動物，也只有繼承了她三分之二智慧基因的漾能夠應付自如，所以現在的控制主導權就在我們兩人的手中，就讓我們來替她判斷人類的行為取向吧！」
御翔天聽後，知道自己的擔心是多餘的，其實他並不擔心海島基地受到日美艦艇的攻擊，因為從眼前的武器作業系統來看，基地所擁有的攻擊力量，都是人類艦艇無法承受其一擊的毀滅能量。
他所擔心的是各國的介入會將整個事件搞的無比複雜，進而影響到他制服漾的時間。因為一旦各國發現了逆天神的本質，就會動用那些超時代武器來對付她，比如日本的「超級機甲戰鬥機器人」、俄羅斯的「超生化機甲戰士」等等，那樣一來就會導致戰爭的全面爆發，而他的最終理想也會被無限期的耽擱下去。
帝國社團的另兩個海底基地「大和」與「創世」早已被雷鳴禪探查清了準確的位置，而且它們距離海島基地也不算很遠，都在五百海涅範圍內。只是海島基地的移動速度實在不比一艘手劃快艇強多少，所以直到距離發射衛星後二十個小時，才來到大和基地的附近。
宮本侍郎為了保密，並沒有求助日本海上自衛隊來保護基地的安全，只是利用海底基地本身擁有的超時代技術，來迎戰逆天神的到來。
大和海底基地位於南太平洋海底三千米的一條海溝邊沿，它本身是由四艘可以潛航的大型科研潛艇組合而成，有些類似翔天號的結構設計。不過它本身並不是用於海底戰鬥，所以防衛力量並不強大。
宮本侍郎從海島基地乘坐小型潛艇逃到這裡後，立即命令基地人員將一萬多枚「質子水雷」佈置在逆天神可能襲來的外圍海域中，而基地內部的所有「深海震波魚雷」也都做好了隨時發射的準備。
這些深海攻擊防禦武器所使用的技術，全部來自逆天神那裡，其破壞力都是地球物質無法承受的，所以宮本侍郎很有信心能攻破海島基地的防禦力量。
不過他也做好了失敗的準備，將基地所有重要的科研人員全部轉移到其中一艘科研潛艇裡，準備隨時脫離大和主體，逃往創世基地。
令他意想不到的是，體積龐大的海島基地並不是從水下攻擊來的，而是像艦船一般從海面漂浮而至。此時他已來不及改變質子水雷的佈置方向，只能將深海震波魚雷全部發射出去，意圖先聲奪人，在附近海域造成一個毀滅性的高頻震波死亡區。
此時雷鳴禪和御翔天都面臨著極其危險的境地，因為他們為了抓到宮本侍郎，不可能一上來就毀滅大和基地，而要癱瘓大和基地的功能運作，就得極其接近對方才可以。
他們想不到宮本侍郎會在開始階段，就將所有深海震波魚雷都發射出來。
海島基地雖然能夠防禦住幾枚甚至幾十枚震波魚雷的同時攻擊，但是當它面對幾百枚震波魚雷同時爆炸，而產生的高頻共震波的時侯，也超出了防禦極限，立時粉碎了海島主體，只剩下了總控制室在內的核心戰鬥體。
然而受到毀滅的並不只是海島基地的主體，由於高頻共震波的破壞力太過強大，致使佈置在外圍的一萬枚質子水雷也被同時引爆，於是這股想像的巨大衝擊波，將附近五十海涅內的所有生物都震成粉末，其中也包括來到附近的五艘各國核潛艇，和不斷接近的所有航母艦艇。
而且大和基地也沒能躲開衝擊的影響，雖然它及時張開了用來防禦震波魚雷的「減震波防禦罩」但是質子水雷的爆炸衝擊力卻輕易將其破壞粉碎。於是除了用於逃生的科研潛艇沒有毀壞外，其餘的部分都變成了金屬碎片。
這場出人意外的戰爭災難，大大出乎了宮本侍郎的想像，雖然他見識過個體外星武器的威力，卻想不到許多這種武器的同時使用，其威力卻遠遠超過了單一威力的相加總和。
爆炸產生的巨大衝擊力量，瞬間在日本南太平洋海域形成一道超過萬米的龐大海浪，其威力之巨大，竟然連「死神之眼」颱風中心的雲層，也被沖天而起的能量漩渦攪得混亂不堪，於是這場有史以來最大級別的颱風就這樣草名其妙的結束了。
然而就在日本西海岸的人們，對突然結束的颱風感到驚奇萬分的時侯，他們又立即看到了可以稱為人類歷史上強度最恐怖的滔天海嘯。
這時侯，無論世界如何的震驚，也改變不了災難後人們的痛苦，這場史無前例的人為海難，其規模已經不能稱其為大海嘯，只能用排山倒海來形容。
事後根據美國地質專家考證，這場巨浪的威力相當於一顆直徑五百米的隕石，砸在日本南太平洋海域裡所釋放的衝擊能量，而更令人恐怖的是，這場災難裡還因為五艘核動力潛艇的毀滅，而造成了難以預計的海洋核污染。
在巨浪驀然迭起的時刻，大和基地所剩的唯一一艘科研潛艇，與海島基地一起被拋到了幾百米的高空。
不過海島基地在被衝擊掉外圍構造後，反而變得靈活起來，其巨大的變異核動力能量，在雷鳴禪的精確控制下，立刻起到了火箭噴射器的作用，將直徑超過五百米的核心戰鬥體，變成了一個能夠旋轉盤旋的飛行器。
御翔天則震驚於這場人為災難的巨大，他憤怒地發動了戰鬥體還留有的「熱融質子炮」也不顧先前的計劃安排，悍然向仍在空中翻騰的科研潛艇掃射而去。
不過因為海浪沖擊，以及顛簸不穩的諸多影響，他的憤怒攻擊只是將潛艇的尾部擊出一個大窟窿，卻在它再次跌入海浪裡時，失去了再次瞄準的機會。
「翔天，不要再攻擊了，我現在還不想讓宮本侍郎死在這裡，還有一個創世基地等著我們呢！」
雷鳴禪見狀，立即制止了他的繼續攻擊。
「什麼？你還想去攻打另一個基地？難道你沒看到這次攻擊所造成的巨大災難嗎？你可知道這樣的海嘯要是衝擊到岸上，會造成多少無辜百姓的傷亡？而且宮本侍郎也可能死在自己製造的災難裡，你再這樣做又有什麼意義……」
御翔天異常憤慨地質問道。
雷鳴禪平穩地駕駛著基地核心戰鬥體，在風浪的尖頭繼續向南滑翔而去，一路上他們不斷看到在海浪中掙扎傾覆的軍艦船隻，而不遠處的海面，更能看到高高翹起的「小鷹」號航母的船尾旋槳。
「翔天，不管你的心如何不忍，現實的殘酷都不會有絲毫改變。從我們人類擁有這些超越時代太多的外星科技開始，世界的毀滅就已進入了倒數計時階段。現在我們來提前引發它們的破壞力，只不過造成了一次特大型的海嘯而已，如果等到它們成型並大量武裝到軍隊之中，那麼毀滅的就只能是整個地球，而不只是部分人類。
「而且這場災難從你與漾認識開始就已經無法避免了，現在我們作戰的對象並不是宮本侍郎，而是異魔所代表的外星力量，沒有宮本侍郎的吸引，逆天神是不會有動力去毀滅創世海底基地的。宮本侍郎當然不會束手待斃，戰鬥的級別或許會更加提高，隨之而產生的災難也許會更大，但是這些代價我們必須付出。
御翔天無力地坐在控制椅裡，心中的迷茫越來越沒有邊際。
他的理想因為外星科技而充滿希望，又因為外星科技而面臨毀滅，如果這場戰鬥繼續進行下去，那麼他過往奮鬥所獲得的物質基礎可能都會因此喪失殆盡，如此他為的又是什麼？難道只是為了師門的使命嗎？
想當初他努力接近燕霓裳，不過是為了提高自己的精神修為，進而更好的完成自己的奮鬥理想，至於拯救燕極宗的玄武大陣，他根本從未用過心思。
但是他現在又不能對雷鳴禪說出自己的真正想法，剛才他怒斥對方主要是考慮到華心美他們的安全問題，如此巨大的海嘯，即使把整個東京都掩沒也不是沒有可能。
雷鳴禪見他默然無語，以為他在自責過去的行為，便繼續勸說道：「翔天，你不要想的太多，雖然在這件事情上你是一根導火索，但是結果卻早在人類接觸到外星科技的第一天開始就定下了。你我現在就是要縮小這場災難的範圍，盡量讓這些外星科技相互消耗殆盡，如此人類才有希望依照自己的步伐，穩定地向前發展下去。而且宮本侍郎又不是笨蛋，應當不會再搞這種連整個日本列島都會被波及的瘋狂攻擊。先前我在他身上做了些手腳，所以知道他已經乘坐小型救生器逃往創世基地了，只要我們再把這個基地控制住，接下來逆天神必然要向八丈島進攻，那時就輪到解決你的問題了。」
御翔天這時也知道多想無益，只能跟著雷鳴禪走一步算一步，所以他點了點頭，不再發表不同意的看法了。
日本南太平洋海域發生的奇怪海嘯，令全世界都為之震驚不已，其中數美國最感到痛心疾首。小鷹號航母編隊的徹底沉默，令美國付出了將近幾千億美元的代價而一無所獲，由地震部門測得的數據顯示，這場海嘯如果來自海洋地震，那麼就相當於一場裡氏十六級的地震。
這樣強度的地震足以移山倒海，令南太平洋變成煮沸的一鍋熱湯，好在真正的震源來自海洋中心，並沒有改變海底地貌原狀。
布萊爾總統從馬克的匯報裡，得知這場災難的是由於日本一個秘密海底基地「大和」造成的，不過馬克也沒有想到宮本侍郎會如此沒有理智的使用那些超時代武器，所以他雖然派出了一支全部由異常者組成的特別戰鬥小組，趕往事發地點制止事端的蔓延，卻沒有主張軍方撤回小鷹航母編隊。
此時作戰小組雖然到達了事發海域，卻因為失去了海面作戰平台而被迫降到附近的海島上待命。而美國海軍高層卻一致認為，不能再派遣任何艦隊，在航母都會傾覆的海域進行作戰計劃。
最後還是馬克要來了總統的終極授權，派出了超類別研究所的終極武器，「無界限太空戰艦」前往事發海域支援特別作戰小組展開行動。
「其實我不主張現在就暴露我們的終極武器，因為這會讓中國以及俄羅斯提前窺視到我們超時代科技的發展水平。但是現在如果不立即制止日本的這場『意外事件』，兩國就會搶先介入其中，奪走我們在東南亞的軍事影響力。
「現在唯一值得慶幸的是，事發地點仍然在日本海域，但是距離中國海域已經極其接近了，這是極其危險的信號。我們有情報顯示，這場事件的背後可能有中國天宮組織的參與，我們不能排除這是中國搞的一場政治預謀。
「如果讓中國實現了這場預謀，那麼他們就會理所當然地展示出他們已經掌握的超時代科技武器，進而將整個東南亞甚至中東地區，都控制在中國的軍事保護之下。」
「到時侯即使我們展示出這些終極武器也為時已晚，因為這些武器的威力比核能威懾更具作用，除非我們拚個魚死網破，否則絕不可能再奪回對亞洲的控制權，這就是我一再建議派兵日本的原因。」
馬克在說服軍方高層時如此闡述道。
就在美國積極派兵遣將的時侯，俄羅斯也做出了類似的判斷，並幹著同樣的事情。不過他們這次派出的不再是曾經露面的「超生化機甲戰士」而是他們所掌握的終極武器「一體化太空機甲戰艦」直接從外太空來到了事發海域的上空。
此時戰區的上空又開始聚集起異常的雷雨雲，巨大的雙螺旋狀雲層漩渦，將日本南太平洋整個海域籠罩其中。
當世界各國的氣象專家，通過氣象衛星發現這一奇特現象時，兩股巨大的海洋龍捲風已經在該海域迅速形成，一場更加驚心動魄的超級戰鬥，再次在極度惡劣的天氣環境中激烈展開。